Управління Нововолинським ліцеєм № 2 в межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:
1) засновник – Засновником Нововолинського ліцею № 2 є Нововолинська міська рада Волинської області.
2) керівник закладу освіти – директор Нововолинського ліцею № 2. Керівник закладу освіти здійснює безпосереднє управління закладом і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу. Повноваження та відповідальність керівника закладу освіти визначається законом та установчими документами закладу освіти.
3) постійно діючий дорадчий колегіальний орган управління закладу освіти – педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом і Статутом закладу освіти. Керівник закладу є головою педагогічної ради – постійно діючого колегіального органу управління закладом.
4) колегіальний орган громадського самоврядування – Рада школи. Вищим органом громадського самоврядування Закладу освіти є загальні збори колективу, що скликаються не менше одного разу на рік.
5) органи самоврядування здобувачів освіти – учнівське самоврядування;
6) інші органи, передбачені спеціальними законами та/або установчими документами закладу освіти. У закладі створені і діють методичні циклові комісії та батьківський актив.